子实体是大多数食用菌的主要组成部分，也是食用菌孢子产生和繁殖的器官，它只能在特定的生殖阶段产生，担子菌子实体是高等担子菌产生的高度有序的子层结构，子实体由盖（底）、折（盘）、柄（柄）和子实体组成。菌环、菌卷、菌丝束、菌裙（诱导剂）、外菌幕（万能面纱）、内菌幕（内幕）等的结构，伞形科蘑菇帽多呈伞形，如圆形、半圆、扇形、匙形、半球形、漏斗形、钟形、漏斗形、轻漏斗形、椭圆形、圆锥形、圆柱形、喇叭形和鞍形，菌盖的皮肤颜色是白色、*色、棕色、灰色、红色和蓝色，细菌帽可分为平地、凸的、脐的或凹的，细菌帽的边缘有侵入、外翻、卷入、卷出；有的边缘光滑无条纹，有的边缘有翻边或撕裂，有的边缘延伸，有的边缘光滑，有皱纹、条纹或裂缝，有的干燥，有的潮湿，有水浸，有黏性，有粘有滑，有些表面有蓬松、鳞片、粉状或结晶状斑块，细菌帽的固体部分大多是肉质的，容易腐烂。
一些是胶质的，蜡状的，皮革的和软骨的，香菇的皮不易与肉分离，而红菇的皮可以与肉分离，肉通常是白色或脏的，一些食用菌受伤后会变成*色、绿色、蓝色或黑色，一些食用菌在不同的试剂下呈现不同的颜色，不同种类的食用菌有不同的组织类型，如丝状组织、孢子囊丝状组织和胶质丝状组织，肉组织、胶质丝状肉、菌丝少、再生能力差，组织分离不适宜成功（银耳、黑木耳等），丝状肉具有较强的菌丝再生能力，可进行组织（平菇、香菇、猴头菇等）囊性丝状肉，其顶部膨大成囊，失去再生能力（红菇、乳菇等），褶皱和茎被附着，褶皱和管状真菌或管是由支持它的种子层或果肉组成，称为片状真菌，皱褶，管状小管，生长在帽下，与细菌肉相连，褶中央有髓细胞，在皱褶的两侧或小管的周围，有胚层，褶或小管与菌柄之间的连接常被用作分类的基础，褶的内端和菌柄是矩形的，如蜜环菌、香菇、蘑菇等。
曲菌褶的内端与菌柄呈曲状连接，如香菇、蘑菇等，曲菌褶的内端与菌柄不接触，如由于双孢蘑菇、草菇等菌褶的内端和增殖菌褶的内端是菌褶的内部结构，通常由髓、下果层和果层三部分组成，结果层是真菌折叠的最外层，由担子、囊肿和边缘囊肿组成，它是由蛔虫或担子组成的真菌的可育层，呈网格状排列，位于果层表面，在子囊菌中，它是基础层，担子菌由子囊和侧丝组成，在果层顶端和边缘的凹坑中没有果层，担子菌在子实体上的生活方式有很多种，一般来说，担子菌比子囊菌的子层复杂，包括担子菌、担子菌孢子、球形细胞、侧丝等，担孢子在担孢子的顶端，所以它们被称为外孢子，不同真菌的担孢子有不同的排出方式，当伞成熟时，真菌皱褶溶解，墨水状孢子被雨水驱散，当根菌丝萎缩，球形蘑菇体随风吹动时，孢子在这个滚动过程中不断被挤压，块菌生长在地下，孢子被密封在腹腔内，当块菌成熟时，会散发出特殊的香味吸引动物进食，因此被动物带到其他地方。
当网柄竹荪子实体成熟时，其产孢体产生臭味粘液，甚至在10米外都能闻到臭味，因此对苍蝇有强烈的吸引作用，从而有助于孢子的传播，大多数食用菌的孢子是通过排出传播的，根据加拿大学者bullercbuller（）的研究，中华网柄线虫的孢子是通过自我喷射传播的，当孢子喷出时，它会在孢子和担子梗之间分泌水滴，水滴在几秒钟内膨胀到最大体积，由于渗透压的作用，孢子很快从花序梗上脱落并向远处散开，布勒对羊肚菌的子囊孢子进行了研究，发现它们位于羊肚菌帽的洞穴中，子囊菌有趋光性，成熟时它们总是向光弯曲，这样当它们释放孢子时就不会向对面的壁开枪，当羊肚菌释放孢子时，子实体的代谢强度急剧增加，因此人们可以感受到它通过手产生的热量，这种热量会引起空气对流，有利于孢子的分裂，子囊孢子有性繁殖产生的孢子是子囊孢子，在子囊孢子中形成，与担孢子相对应，称为内生孢子。
从受精囊中延伸出来的囊性细丝发育成菌核和盘状真菌，如虫草、块菌和囊性细丝，每个细胞内都有膜，它由两个核组成，一个来自男性器官，另一个来自囊肿体。囊丝顶端的双核细胞拉长并弯曲形成钩端螺旋体。双核分为四个核，两个细胞核移向钩头，一个在钩尖，另一个在钩柄，然后，在钩尖和钩尖以及钩柄之间有一个隔膜，它将钩体分成三个单元，钩尖和钩柄各包含一个细胞核，钩头细胞包含两个核，成为蛔虫母细胞，蛔虫二倍体细胞的细胞核发育成蛔虫。减数分裂后，二倍体细胞核形成四个单倍体细胞核，一次有丝分裂后，形成八个核，然后在每个核的细胞质周围形成细胞壁，形成八个子囊孢子，子囊孢子的释放是一个非常复杂的过程，它与周围空气的湿度、温度、日照和气流密切相关，羊肚菌的子囊孢子沉积在坑中，当孢子大量释放时产生。嘶嘶声松露埋在地下，子囊菌不规则地分布在大脑髓质和外静脉之间的下一个组织圈中，通常只有2-4个块菌子囊孢子，茎是盖的支撑部分，也是输送水分和养分的器官。
除了少数食用菌外，它有不育的茎或只有短茎，此外大多数种类都有圆柱形的茎，但是它们的形状、纹理、表面特征和在盖上的位置因种类而异，并且也可能因不同的生长阶段而不同，例如圆柱形、杆状、纺锤状和其他形状，通常是直立的、弯曲的、扭曲的和分枝的，基本上是团结一致的，通常有不同的质地，如肉、纤维、皮革、脆骨等，柄内有中空、疏松、中等固体；多为白色、灰白色等颜色；柄与帽的关系有三种形式，中柄在盖层中心，变质柄在盖层中，偏心度，侧枝位于菌盖的一侧，菌环是残留在菌柄上的内菌幕的环，在果实发育的早期，菌盖的边缘和菌柄之间通过一层包膜（即内部菌幕）相连，当果体生长时，内菌幕破裂，部分内菌幕残留在菌柄上，分类的主要依据是菌环附着在菌柄上、中、下部的方式，一些伞菌（如草菇）在菌类载体中，当子实体幼小时，在外部包裹一层菌膜，即子实体生长时，外部菌膜会破裂，留在菌柄底部的外部菌膜称为f带菌者（或脚芽）。