如今，微生物发酵技术在食品加工行业发挥着巨大作用。食品在发酵过程中会形成一个微生物循环系统，在微生物的繁殖转化下，食品的结构被改变，进而得到发酵食品。
微生物（Microorganism,microbe）一词并非生物分类学上的专门名词，而是指大量的、极其多样的、不借助显微镜看不见的微小生物类群的总称。因此，微生物通常包括病*、细菌、真菌、原生动物和某些藻类。
酵母菌人们借助微生物在有氧或无氧环境下进行生命活动，生产微生物菌体本身数量，或生产某种物质的过程，这种行为被称为微生物“发酵”
第一类：繁殖微生物本身菌体数量
第二类：微生物对有机物的某种分解过程
按种群细分，适用于易腐废弃物降解的微生物有：芽孢杆菌、酵母菌、烟渠霉等等。
在食品加工业中具有重要的作用。很多食品都是应用真菌制造的，如各种酒类、面包、酱油、豆腐乳等。有些真菌可以直接用作食品，如香菇、木耳、草菇、蘑菇等，不仅是味道鲜美的菜肴，又是营养丰富的保健食品。我国名贵的药材灵芝、茯苓、天麻等也是真菌的菌丝体。
伞菌微生物的发酵还能不同程度地影响食品中多糖、蛋白质、脂肪等营养成分的含量、组成以及存在形式。同时，对于氨基酸、总*酮、脂类等，一定的生物转化可以提高其营养价值，使其化学组成更均衡。
随着消费者对食品功能需求不断地提高，微生物发酵技术也在不断地发展